MI Hidayatun Najah berdiri di dalam Yayasan Hidayatun Najah yang telah berdiri sejak tahun 1985 berdasarkan Akte Notaris Sugiyanto, SH tertanggal 28 September 1985 Nomor 48. Berdirinya Yayasan ini untuk menjawab kebutuhan masyarakat di Kelurahan Latsari saat itu akan pendidikan Agama. Maka berdirilah Yayasan Hidayatun Najah (Yadana), yang beralamat di jalan Sunan Kalijaga disebelah kantor Kelurahan Latsari, atas prakarsa Bpk. Imam Syafi’i, Kepala Kel. Latsari saat itu, bersama Bpk. Syahid Mabroeri dan beberapa tokoh masyarakat yang peduli pada Pendidikan Agama. Yadana kemudian menjadi Lembaga Sosial dan Dakwah dengan orientasi pada Pendidikan Agama dengan Jenjang Madrasah Diniyah.

Sejak berdiri, yayasan ini cukup eksis selama kurang lebih 15 tahun dalam bentuk pendidikan diniyah dengan input santri cukup banyak. Namun Memasuki kisaran tahun 2000 perkembangan Madin kurang menggembirakan karena berbagai sebab dan bahkan sempat mengalami masa vakum. Pada tahun 2007 muncul sebuah gagasan untuk mendirikan pendidikan formal. Maka pada tahun itu juga berdirilah pendidikan formal tingkat Taman Kanak-Kanak (TK) dengan nama Raudhatul Athfal (RA) Hidayatun Najah atas prakarsa Bpk. Zaenal Machalli,S.E. dan Bpk Suprapto (alm.).

Alhamdulillah, dengan dibukanya RA Hidayatun Najah yang diasuh oleh Ustadzah Kamari dan kawan-kawan, Hidayatun Najah mendapat sambutan yang baik dari masyarakat. Namun demikian, Maha Benar Allah dengan firman-Nya, yang intisarinya bahwa “ujian (cobaan) akan selalu menyertai setiap perjuangan”. Yayasan Hidayatun Najah tidak lepas dari cobaan tersebut. Yayasan yang masih dalam masa sulit merintis lembaga pendidikan dengan fasilitas sarana dan prasarana seadanya ini ternyata sedikit melupakan legalitas kepemilikan lahan yang ditempati.
Perlu diketahui bahwa saat itu Yayasan Hidayatun Najah (YADANA) menempati lahan yang berstatus tanah negara yang menyatu dengan kantor kelurahan Latsari. Karena status tanah yang masih milik negara tersebut, Yayasan harus mengembalikannya ketika pemerintah kabupaten membutuhkannya dan yayasan harus mencari lokasi baru. Maka untuk sementara RA Hidayatun Najah menempati rumah kosong yang dipinjamkan oleh seorang dermawan sambil pengelola mencari lokasi baru untuk dibangun gedung ruang kelas.

Syukur alhamdulillah, pertolongan Allah selalu melingkupi hamba-Nya yang bersungguh-sungguh dalam memperjuangkan agama-Nya, seorang dermawan yang bernama Bpk. H. Fauzi Salam bersedia mewakafkan sebidang tanah di jalan Sunan Kalijaga Gg. Kresna 17 B Tuban untuk Yayasan Hidayatun Najah dan berkat swadaya masyarakat serta uluran tangan dari para donatur dan dermawan akhirnya pada lahan wakaf tersebut berdiri 3 lokal untuk RA Hidayatun Najah pada tahun 2009, sekaligus pada tahun tersebut dibuka jenjang Play Group yang dikomandani ustadzah Nurulia Alfiah. Yang patut membuat pengelola lebih bersyukur adalah dengan berpindah lokasi ternyata antusiasme masyarakat kepada Hidayatun Najah justru semakin baik sehingga pada tahun 2010 dibuka jenjang Pendidikan Dasar dengan Nama MI Hidayatun Najah.

Walaupun kendala dan ujian selalu mengiringi setiap perjuangan tapi pertolongan Allah selalu melebihi apa yang diperkirakan dan diinginkan hamba-Nya. Pada saat itu, antusias dan animo yang sangat besar dari masyarakat belum diimbangi kemampuan yayasan untuk menyediakan sarana prasarana yang memadai, sehingga pada TP 2012/2013 sebagian kelas pada jenjang MI harus belajar di Mushalla milik masyarakat. Namun pada tahun itu juga ada seorang dermawan, Bpk H. Ngarbi (alm.) mewakafkan lahan yang dimilikinya seluas 300 M². Setelah itu, untuk memperluas lahan yang dimiliki MI Hidayatun Najah membuka program wakaf tunai dan berhasil membebaskan lahan seluas 1.500 M² yang saat ini telah berdiri kokoh 14 kelas untuk MI Hidayatun Najah. Tidak berhenti sampai di situ, berkat antusiasme para dermawan yang mempercayakan donasinya pada lembaga ini, pada pertengahan tahun 2015 menuntaskan program wakaf tunai II untuk membebaskan lahan seluas 600 M². Semoga Allah menerima amal para waqif dan donatur. Amin